La ocupación humana del valle se remonta a períodos históricos. Con materiales cerámicos que nos llevan al Eneolítico bronce, o el poblado que se asentó en el término de la Desilla y se atribuye a la Edad del Hierro.
En nuestra era algunos historiadores ubican en Salinas la ciudad de Salionica que Ptolomeo cita en el país de los Autrigones en el siglo II. Otra referencia es conocida a través del capitán Carlos José de Varona quien nos dice que Ceferino, duque de Cantabria pobló en el año 206 a Salaria que es Salinas de Añana / Gesaltza-Añana.
La romanización también actuó entre los siglos I y IV D.C. como lo demuestran diversos restos arqueológicos y el apellido "Añana" de origen latino.
El arranque documental como núcleo poblacional se remonta al año 822 refiriéndose principalmente a la actividad económica de explotación de la sal.
En el año 865 se cita Salinas con motivo de la invasión o "aceifa" de los árabes. El historiador Claudio Sánchez Albornoz narra el ataque y algunos detalles de la fortaleza, sabemos así, que los mahometanos se apoderaron de Al Mallaha como llaman las salinas en su lengua, desmantelaron el castillo y borraron las huellas de sus muros.
La población estaba entonces repartida en varios núcleos en torno al valle, incrementándose a medida que la amenaza árabe se alejaba. De estos asentamientos tenemos constancia a través de las donaciones a los monasterios y de la existencia de diversas ermitas y topónimos.
Fue Alfonso I el Batallador quien en 1126 mandó poblar Salinas en lo alto del cerro.
Posteriormente Alfonso VII de Castilla en el año 1140 otorga el fuero de población a Salinas de Añana / Gesaltza-Añana siendo el primer fuero alavés concedido.
La villa de Salinas pasa por diversos momentos en los que aparece bajo protección real o dominio de señorío. Bajo título de villa real aparece en tiempos de Alfonso XI, Pedro I y como Señorío con D. Diego de Haro, el linaje de los Sarmiento y posteriormente la casa ducal de Híjar, siendo éste el último linaje que poseyó Salinas.
Salinas de Añana / Gesaltza-Añana se incorpora a la Hermandad de Álava en el año 1460. Formó parte de la Cuadrilla de Vitoria hasta 1840, año en que se erigió la Cuadrilla de Añana a la que pertenece actualmente.