Existen numerosos yacimientos prehistóricos del Eneolítico-Bronce y del Hierro, y una necrópolis altomedieval. Situado en una de las rutas que comunicaban Castilla con el mar, por él discurría una importante calzada romana que desde Puentelarrá - Zubilarra, llegaba a Orduña. Más tarde se aprovechó como Camino de Santiago y Camino Real que unía Castilla con el mar.
Aparece citada en 913, con el nombre de Bergonda. Entre Bergonda, Sobrón y Batxicabo existen los restos del antiguo poblado de Lantarón y fortaleza del Conde de Lantarón. Fue villa con torre de defensa, perteneciente al señorío de los Condes de Orgaz, pasando después al marqués de Villamenazar.
El linaje de los Hurtado de Corcuera disponía de palacio en Bergüenda, creó hospital de peregrinos y pasajeros con seis camas, cátedra de gramática y otras fundaciones. Pedro Hurtado de Corcuera, fue Inquisidor General en 1.620. Sebastián Hurtado de Corcuera fue virrey de Filipinas y Capitán General de Canarias, se hizo acreedor a numerosos títulos.
Entre Bergüenda y Sobrón, existen restos de la antigua villa y fortaleza del Conde de Lantarón (que da nombre al ayuntamiento actual) del año 911. Existió Preceptoría para la preparación de los alumnos antes de su ingreso en el seminario diocesano.