El nombre de la localidad, sugiere ya su posible origen romano.
Entre Leciñana y el Dolmen de La Mina se descubrieron importantes restos del Eneolitico-Bronce. Situado en la ruta salinera de Añana hacia el Ebro, fue Señorío de los Hurtado de Mendoza, que iniciaron la construcción de una torre no concluida, posiblemente sobre el emplazamiento de una anterior que se situaba al suroeste del templo parroquial. Aparece documentada como Licingana en 1.025, y en otros documentos como Liciniana el año 1.043